За прошедший период на реках округа отмечались незначительные колебания уровней воды от выпадающих осадков. Достижение и превышение опасных отметок уровней воды не наблюдалось. 

Уровни воды ниже проектных отметок навигационного уровня наблюдаются на реках: р. Обь у, с. Фоминское, с. Усть-Чарышская Пристань, с. Барнаул (Алтайский край), г. Новосибирск, с. Дубровино, с. Кругликово (Новосибирская область), п. Победа (Томская область), р. Бия в районе с. Турочак (Республика Алтай), г. Бийск (Алтайский край), р. Чарыш у свх. Чарышское (Алтайский край), р. Томь в районе г. Новокузнецк, г. Кемерово (Кемеровская область), г. Томск (гидроствор), г. Томск, с. Козюлино (Томская область), р. Енисей в нижнем бьефе Красноярской ГЭС на участке г. Красноярск - с. Казачинское (Красноярский край). 

По состоянию на 28.09 средний уровень воды водохранилищ округа составляет: 

 - вдхр. Новосибирское 113,02 м БС; - вдхр. Саяно-Шушенское 528,25 м БС; 

 - вдхр. Красноярское 232,18 м БС;

 - оз. Байкал 456,83 м ТО;

 - вдхр. Братское 400,93 м БС;

 - вдхр. Усть-Илимское 295,77 м БС.  

На предстоящий период на реках округа прогнозируется понижение уровня воды, прерываемый незначительными подъемами от выпадающих осадков. Сохраняются уровни воды ниже проектных отметок навигационного уровня на р. Обь и ее протоках, р. Енисей в пунктах указанных выше.